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tutorial:torque_administrator_and_operator_commands

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tutorial:torque_administrator_and_operator_commands [2024/03/01 12:50]
mjm519 		tutorial:torque_administrator_and_operator_commands [2024/04/10 14:08] (current)
mjm519 [Commands:]
Line 1: Line 1:
-====== Common Commands for managing PBS Torque useful for Managers and Operators ======+====== Torque Common Commands useful for Managers and Operators ======
  
 +Information about command usage can be obtained using the links below or via the man or info commands.
 +Example:
 +<code>
 +info qdel
 +
 +man qdel
 +
 +</code>
  
 ===== Commands: ===== ===== Commands: =====
Line 8: Line 16:
  
 <code> <code>
-mjm519@polyp1:~$ qmgr -c "print queue batch" +user@polyp1:~$ qmgr -c "print queue batch" 
-mjm519@polyp1:~$ qmgr -c "p q batch"+user@polyp1:~$ qmgr -c "p q batch"
 # #
 # Create queues and set their attributes. # Create queues and set their attributes.
Line 31: Line 39:
  
 == qstat == == qstat ==
-[[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-1-4/Content/topics/commands/qstat.htm|qstat]]+[[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-1-4/Content/topics/commands/qstat.htm|qstat]] - Qstat shows the status of jobs in the queuing system. 
 + 
 +<code> 
 +mjm519@polyp1:~$ qstat -q 
 + 
 +server: polyp1 
 + 
 +Queue            Memory CPU Time Walltime Node  Run Que Lm  State 
 +---------------- ------ -------- -------- ----  --- --- --  ----- 
 +MOSEK              --      --       --      --    0   0 48   E R 
 +AMPL               --      --       --      --    0   0  8   E R 
 +long               --      --    72:00:00   --    0   0 30   E R 
 +gpu                --      --       --      --    0   0  4   E R 
 +verylong           --      --    240:00:0   --    0   0 20   E R 
 +medium             --      --    04:00:00   --    0   0 10   E R 
 +coraverylong       --      --       --      --    0   0 --   E R 
 +special            --      --    72:00:00   --    0   0 24   E R 
 +batch              --      --    01:00:00   --    0   0 --   E R 
 +short              --      --    02:00:00   --    0   0 --   E R 
 +urgent             --      --       --      --    0   0 --   D S 
 +background         --      --       --      --    0   0 --   E R 
 +mediumlong         --      --    24:00:00   --    0   0 60   E R 
 +                                               ----- ----- 
 +                                                   0     0 
 +mjm519@polyp1:~$ qstat -Q 
 +Queue              Max    Tot   Ena   Str   Que   Run   Hld   Wat   Trn   Ext T   Cpt 
 +----------------   ---   ----    --    --   ---   ---   ---   ---   ---   --- -   --- 
 +MOSEK               48      0   yes   yes     0     0     0     0     0     0 E     0 
 +AMPL                 8      0   yes   yes     0     0     0     0     0     0 E     0 
 +long                30      0   yes   yes     0     0     0     0     0     0 E     0 
 +gpu                  4      0   yes   yes     0     0     0     0     0     0 E     0 
 +verylong            20      0   yes   yes     0     0     0     0     0     0 E     0 
 +medium             100      0   yes   yes     0     0     0     0     0     0 E     0 
 +coraverylong         0      0    no    no     0     0     0     0     0     0 E     0 
 +special             24      0   yes   yes     0     0     0     0     0     0 E     0 
 +batch                0      0   yes   yes     0     0     0     0     0     0 E     0 
 +short                0      0   yes   yes     0     0     0     0     0     0 E     0 
 +urgent               0      0    no    no     0     0     0     0     0     0 E     0 
 +background           0      0   yes   yes     0     0     0     0     0     0 E     0 
 +mediumlong          60      0   yes   yes     0     0     0     0     0     0 E     0 
 +</code>
  
 == qalter == == qalter ==
-[[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-1-4/Content/topics/commands/qalter.htm|qalter]]+[[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-1-4/Content/topics/commands/qalter.htm|qalter]] - alter a non-running queued job. 
 + 
 +<code> 
 +qalter <job number> <change to the queued job> 
 + 
 +The line below changes the node specification for job id 1398668. Original job submission did not specify a node, this specifies a node with the same ppn (processors per node) 
 + 
 +                      qalter 1398668 -l nodes=polyp14:ppn=1 
 + 
 +</code>
  
 == qdel == == qdel ==
-[[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-1-4/Content/topics/commands/qdel.htm|qdel]]+[[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-1-4/Content/topics/commands/qdel.htm|qdel]] - Delete a batch job 
 +<code> 
 +qdel <job id> 
 +                   qdel 1186460 
 +</code>
  
 == qhold == == qhold ==
 [[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-1-4/Content/topics/commands/qhold.htm|qhold]] [[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-1-4/Content/topics/commands/qhold.htm|qhold]]
 +Place non-running job in a state so it will not run. If the job is running, and checkpointing is not enabled the job will terminate.
  
 == qmove == == qmove ==
 [[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-1-4/Content/topics/commands/qmove.htm|qmove]] [[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-1-4/Content/topics/commands/qmove.htm|qmove]]
 +Move a submitted job to another queue.
  
 == qrun == == qrun ==
 [[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-1-4/Content/topics/commands/qrun.htm|qrun]] [[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-1-4/Content/topics/commands/qrun.htm|qrun]]
 +Command used to take a non-running job and make it run. When I use this, I look at running jobs and then use the qalter command to specify the node I want the job to run on (based on available resources).
  
 == qstart == == qstart ==
-|qstat+[[https://www.mankier.com/8/qstart|qstart]] The qstart command directs the torque server process batch jobs. This command can enable the entire server or a queue.
  
 == qstop == == qstop ==
 +[[https://www.mankier.com/8/qstop|qstop]] The qstop command directs the torque server to stop processing batch jobs. Can be use to disable the server or just a queue.
 +
 +== qenable ==
 +[[https://www.mankier.com/8/qenable|qenable]] The qenable command directs the destination (server / queue) to accept jobs for processing.
 +
 +== qdisable ==
 +[[https://www.mankier.com/8/qdisable|qdisable]] The qdisable command directs the destination (server / queue) to stop accepting jobs for processing.
 +
 +== pbsnodes ==
 +[[https://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-1-3/Content/topics/commands/pbsnodes.htm|pbsnodes]]
 +This command can be use to enable and disable nodes in the queuing system.
 +<code>
 +manager@polyp1:~$ pbsnodes -l
 +polyp5               down
 +polyp14              offline
 +polyp15              offline
 +polyp30              offline
 +
 +Take a node offline:
 +manager@polyp1:~$ pbsnodes -o polyp15
 +
 +Put a node back online:
 +manager@polyp1:~$ pbsnodes -c polyp15
 +
 +Current Normal Output from pbsnodes -l:
 +manager@polyp1:~$ pbsnodes -l
 +polyp5               down,offline
 +polyp30              offline
 +</code>
 +
  
  
tutorial/torque_administrator_and_operator_commands.1709315414.txt.gz · Last modified: 2024/03/01 12:50 by mjm519

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